微滴式流控裝置的代表是由ddPCR （droplet digital PCR）制備器衍生出來的單細胞分離及反應設備。其工作原理是讓懸浮的單細胞依其次通過一個超聲裝置，利用聲波將含有細胞的水相液體連續分離為單獨的微小液滴，并用表面活性劑處理以防液滴融合，最終收集到油相載液中統一反應。由于繼承了ddPCR的高通量特性，此法可以批量制備上百萬的液滴。以此為基礎，并聯兩個相同的裝置可以使不同液滴兩兩融合，可在反應過程中逐級添加試劑。此外，還可在制備流程中加入光篩，以流式細胞儀的原理自動剔除不含細胞的液滴，并富集具有共同表達特征的細胞。