蛋白質芯片是一種高通量的蛋白功能分析技術，可用于蛋白質表達譜分析，研究蛋白質與蛋白質的相互作用，甚至DNA－蛋白質、RNA－蛋白質的相互作用，篩選藥物作用的蛋白靶點等。

在蛋白質分析技術中，蛋白質芯片是一種高通量、微型化和自動化的新型分析手段 。目前蛋白質芯片主要分兩種：一種類似于 DNA 芯片，即在固相支持物表面高密度排列的探針蛋白點陣，可特異地捕獲樣品中的靶蛋白，然后通過檢測器對靶蛋白進行定性或定量分析；另一種就是微流控電泳芯片，通過在玻璃片或硅片上設置各種微泵、微閥、微電泳以及微流路，可將生化實驗室的分析功能濃縮固化在蛋白質芯片上，然后在電場作用下，樣品中的蛋白質通過芯片上的孔道分離開來，經噴霧直接進入質譜儀中進行檢測，以確定樣品中蛋白質的分子量及種類。

蛋白質芯片將為生物化學和分子生物學提供強有力的分析工具。相對于 DNA 芯片，蛋白質芯片的研究進展顯得相對滯后，主要原因是 ：（1）芯片材料表面的修飾方法尚不成熟；（2）樣品制備和標記操作過于繁瑣；（3）信號檢測靈敏度低，如低拷貝蛋白質的檢測和難溶蛋白的檢測精度更加難以保證，因此需要研制和開發高度集成化樣品制備及檢測儀器。這些問題不僅為蛋白質芯片技術增加了難度，同時也是蛋白質芯片能否從實驗室推向臨床應用的關鍵所在。