PCR技術的本質是體外核酸擴增，加熱使雙鏈DNA解開螺旋，在退火溫度條件下引物同模板DNA雜交，在Taq DNA聚合酶，dNTPs，Mg2+和合適pH緩沖液存在條件下延伸引物，重復 “變性→退火→引物延伸”過程至25～40個循環，呈指數級擴大待測樣本中的核酸拷貝數。 

二、PCR分類

1. 普通的PCR儀

一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，又叫傳統的PCR儀。

用途：主要是做一些簡單的、對單一退火溫度的目的基因進行擴增。

（1）梯度PCR儀： 一次PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件(溫度梯度)，通常為12種溫度梯度的普通PCR儀。

用途：研究未知DNA退火溫度的擴增。

（2）原位PCR：將具有細胞定位能力的原位雜交技術運用于從細胞內靶DNA的定位分析，在細胞內實現基因擴增的普通PCR儀。

用途：用于在細胞的靶DNA所在位置上進行基因擴增。

2. 實時熒光定量PCR儀

PCR擴增時加入的引物利用熒光素進行標記，使引物和熒光探針同時與模板進行特異性結合，擴增結果通過熒光信號采集系統實時采集信號并輸送到計算機分析處理系統，實時輸出量化結果，這樣的PCR儀叫實時熒光定量PCR儀。

熒光定量PCR儀有單通道，雙通道和多通道之分。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道；有多種熒光標記的時候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實現一次檢測多種目的基因的功能。